比较而言，在Morris水迷宫中，小鼠（C57BL/6株）的成绩没有大鼠好（Long-Evans株）[40,41]。这并不是因为小鼠的空间学习记忆能力差，而是在游泳池内小鼠的空间学习能力可能受到某些非空间因素的阻碍，如游泳的路径不直，游泳时昂头更剧[41]。为此，有人认为[41]：a. 在以水为基础的任务中，不要将小鼠的成绩与大鼠的成绩匹配，否则会引起混淆。但是，如果熟知了任务的局限性，该任务还是可用于小鼠的检测；b. 在陆地任务中，尤其是动物的运动性受到臂的限制的任务中，小鼠的成绩应该与大鼠的成绩匹配；c. 小鼠表现出的可以和大鼠比较的行为值得进一步研究，因为该差异有助于理解在空间行为中所使用的种属特异性策略的不同。

就小鼠而言，在Morris水迷宫中不同株的小鼠的学习记忆成绩差异巨大。例如，C57BL/6J、CD-1和DBA/2小鼠是优良的学习者，而BALB/c小鼠不能学会该任务。所以，事先要对自己所用的小鼠是否适合于Morris水迷宫检测进行评价。但各株在Morris水迷宫中学习成绩的好坏可能是相对的，要视所使用的程序而定。例如在C57BL/6J和129T2/Sv株小鼠间，在标准的空间参考记忆程序中（试验期平台的位置恒定），两株有同样好的成绩，但在逐步式学习程序中，C57BL/6J株在各学习阶段内的成绩都比129T2/Sv株差，而在集中空间学习程序中（平台的位置每天改变），C57BL/6J株的成绩又要好于129T2/Sv株[34a]。

对于水池的大小，Morris初（1981年）用于大鼠的水池是直径1.32米、高为0.6米，但后来（1984年）改为直径2.14米 、高0.4米[7a]。对于小鼠的实验水池，文献中介绍的迷宫直径差异巨大，小到0.6米, 大到2.0米[34]。一般而言，过小的水池使小鼠爬上平台的偶然性增加，任务难度减小。

Morris水迷宫用于大鼠的水温为26 ± 1℃[7a]，但用于小鼠的水温一般较低（18~22℃[66]）。近年来，文献中提及的水温有逐渐增加的趋势，一些已达到25℃[40]或26℃[11]甚至28℃。但过高的水温容易使小鼠产生漂浮（floating）而不急于游泳来寻找平台，至少对某些株是这样，如昆明小鼠和SAM小鼠。不过，过低的水温又可使小鼠体温丧失过快而对健康有害。我们对青年昆明小鼠进行了水温对迷宫成绩影响的观察，结果发现27~28℃组的小鼠成绩差，而17~18℃组和21~22℃组小鼠的学习成绩没有区别，所以，我们推荐的水迷宫实验用21~22℃水。